Komerční certifikáty mají svoji významnou úlohu především tam, kde nelze s ohledem na platnou legislativu využít kvalifikované certifikáty. Certifikáty jsou vydávány s platností jeden rok. Postupy získání certifikátů a další důležité informace o certifikátech, vydávaných společností První certifikační autorita, a.s., je možné najít v příslušném dokumentu Certifikační politika. Komerční certifikát je vhodný pro obchodní použití mimo oblast komunikace s orgány veřejné moci, na které se vztahuje povinnost využívat certifikáty kvalifikované. Nejčastěji se používá v komunikaci mezi komerčními subjekty. Využití má tak např. v podobě zaměstnaneckých certifikátů, jejichž účelem je zajištění interní bezpečné komunikace mezi zaměstnanci, mezi jednotlivými pobočkami a dislokovanými pracovišti, případně pro realizaci vzdáleného přístupu zaměstnanců k firemním datovým zdrojům. Jeho použití je možné také v uzavřených systémech, pokud je mezi účastníky bezpečné komunikace uzavřena smlouva, řešící podmínky této komunikace. V současné době mají komerční certifikáty použití zejména pro šifrování a autentizaci. Jedná se především o neanonymní přístup na webové servery a předávání šifrovaných dat, jak e-mailovou poštou, tak prostřednictvím webových formulářů.